زندگی نامه علامه حاج شیخ اسماعیل آل اسحاق خوئینی رحمه الله

زندگی‌نامه علامه حاج شیخ اسماعیل آل اسحاق خوئینی رحمه الله

ترجمة مختصرة للعلامة الـمهتدي
 إسماعيل آل إسحاق الخوئيني رحمه الله
 

 
بسم الله الرحمن الرحیم
حاج شیخ اسماعیل آل اسحق خوئینی یکی از 9 پسر آیة الله شیخ عبدالکریم خوئینی (- مؤلف کتاب «شرح کفایة الأصول» به فارسی و از شاگردان آخوند ملا کاظم خراسانی و هم مباحثة آیة الله بروجردی و استاد علمایی از قبیل آیة الله میرزا باقر زنجانی و آیة الله حاج سید احمد زنجانی و استاد «رضا روزبه») است( ).
استاد اسماعیل آل اسحاق در اول فروردین 1316 هجری شمسی (- 1397 م) در زنجان ولادت یافت، و در بمباران شهر توسط ارتش متفقین در جنگ جهانی دوم به اتفاق پدر به روستای «خوئین» که از مناطق زیبا و خوش‌آب و هوای زنجان است، منتقل شد
وی پس از خواندن قرآن کریم و مقدمات ادب فارسی و عربی در «خوئین» هنگامی که هشت‌ساله بود، همراه پدر به «قم» رفت و بقیة مقدمات و دورة سطح را نزد پدر و اساتید دیگر تحصیل نمود، و سپس برای تکمیل تحصیلات عازم «نجف» شد و سه سال در درس مشاهیری چون آیة الله سید محسن حکیم و آیة الله سید ابوالقاسم خویی و.... حضور یافت، آنگاه به «قم» مراجعت نمود و در درس آیة الله بروجردی و آیة الله خمینی و آیة الله حسینعلی منتظری شرکت کرد.
پس از ازدواج، به دعوت استاد «روزبه» همراه آیة الله محمد رضا مهدوی کنی و حسین نوری و امامی کاشانی و.... به تهران آمد و در این شهر مقیم شد و در مدرسة «علوی» تهران به تحصیل علوم جدید پرداخت، سپس به اشارة آیة الله بروجردی وارد دانشکدة الهیات دانشگاه تهران گردید، در آن زمان آیة الله شیخ مرتضی مطهری در دانشکدة الهیات تدریس می‌کرد، شیخ اسماعیل مدت پنج سال زیر نظر استاد مطهری و دیگر اساتید آن دانشکده، دورة تحصیلی خود را سپری نمود.
در سال 1322 ﻫ ش (- 1953 م) با دکتر محمد مفتح در تألیف کتاب «روش اندیشه» همکاری کرد.
از فعالیت‌های سیاسی نامبرده، رهبری اعتصاب فرهنگیان در سال 1350 و 1351 (-1971 و 1972 م) است، در همین زمان وی به حبس محکوم گردید و ایام محکومیت خود را با تحمل زجرها و صدمات در زندان کمیته و زندان قزل قلعه گذراند، از دیگر فعالیت‌های وی طرح و تأسیس مؤسسة رفاه طلاب علوم دینی در «قم» می‌باشد که با شرکت هزاران نفر از طلاب افتتاح شد و آیة الله «قدوسی» از طرف طلاب، بازرس و ناظر سازمان مذکور بود، اما متأسفانه ساواک به اهمیت آن پی برد و توسط ایادیش آن را تعطیل ساخت.
استاد آل اسحاق از سوی حکومت شاه و با همکاری آیة الله سید کاظم شریعتمداری و شیخ مصطفی اعتمادی به مدت چهار سال از تدریس در مدارس و دبیرستان‌ها محروم و مدت یک سال به شهر «بیجار» در استان کردستان تبعید گردید، اما پس از پیروزی انقلاب 22 بهمن 1357 استاد به فعالیت‌های بسیاری پرداخت که از آن جمله می‌توان به تشکیل کلاس‌های عقیدتی پرجمعیت در «بوشهر» و «تبریز» و یا کمک‌رسانی توسط «بیت الزهراء» طهران و رفتن به جبهه‌های جنگ عراق و ایران و یا سخنرانی در رادیوی «تبریز» و «آبادان» اشاره کرد.
از جمله فعالیت‌های نامبرده، اجرای طرحی موسوم به پیوند مسجد و مدرسه است که از جانب گروه «روحانیون مبارز» تهران مأموریت داشت تا طرح مذکور را با آموزش و پرورش ناحیة 12 طهران به اجراء درآورد و یک سال تمام مسؤولیت این طرح را بر عهده داشت، و با این که آقای «علی اکبر پرورش» وزیر آموزش و پرورش در جشن شروع کار این طرح در مسجد استاد مطهری (- مسجد سپه‌سالار سابق) و آقای «ناطق نوری» در خطابة مفصلی که در جشن مذکور ایراد گردید، بر اجرای این طرح تأکید کردند، اما انجمن «حجتیه» با امکانات و تسلطی که در آموزش و پرورش دارند مانع پیشرفت این طرح شدند!.
و باز از فعالیت‌های ایشان، بنیاد خیریة مستضعفین است که به همکاری عده‌ای از شخصیت‌ها و دانشمندان در تهران تأسیس شده و استاد عضو هیئت أمنای آن بوده است، علاوه بر این وی با دست خود در بیابان‌های «أبهر» (- در استان زنجان) باغ و قناتی احداث کرده است.
نامبرده در دورة دوم انتخاب ریاست جمهوری همزمان با نامزدشدن «محمد علی رجائی» به تقاضای عده‌ای برای ریاست جمهوری نامزد شد و روزنامه‌ها نیز خبر مذکور را اعلام کردند، اما مقامات حکومت بدون ذکر دلیل با آن مخالفت نمودند!!.
مشارالیه بنا به وظیفة شرعی برای شرکت در (مجلس خبرگان انتخاب رهبری) نامزد شد، اما بدون هیچ دلیلی نام وی را در شمار نامزدها اعلان ننمودند!!.
از وقایع مهم زندگی استاد، آشنایی وی با مرحوم دکتر صیاد بلوچی است که تأثیر مهمی بر افکار استاد بر جای نهاد و ایشان ارادت و احترام خاصی به دکتر صیاد داشت، دیگر از وقایع مهم زندگی استاد آل اسحاق که عواقب بسیار ناگواری داشت، نامه‌ای است که نامبرده پس از انتشار نامة آیت الله خمینی به «گورباچف»، برای رهبر انقلاب ایران فرستاد.
در اینجا نخست متن‌نامة آیت الله خمینی به گورباچف را می‌آوریم، سپس نامة استاد آل اسحاق به رهبر انقلاب را ذکر می‌کنیم:

 
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب آقای گورباچف، صدر هیات رئیسه اتحاد جماهیر شوروی سوسیالیستی شوروی
با امید خوشبختی و سعادت برای شما و ملت شوروی، از آنجا که پس از روی کارآمدن شما چنین احساس می‌شود که جناب‌عالی در تحلیل حوادث سیاسی جهان، خصوصاً در رابطه با مسائل شوروی، در دور جدیدی از بازنگری و تحول و برخورد قرار گرفته اید، و جسارت و گستاخی شما در برخورد با واقعیات جهان چه بسا منشأ تحولات و موجب به هم‌خوردن معادلات فعلی حاکم بر جهان گردد، لازم دیدم نکاتی را یادآور شوم، هرچند ممکن است حیطة تفکر و تصمیمات جدید شما تنها روشی برای حل معضلات حزبی و در کنار آن حل پاره‌ای از مشکلات مردمتان باشد، ولی به همین اندازه هم شهامت تجدید نظر در مورد مکتبی که سالیان سال فرزندان انقلابی جهان را در حصارهای آهنین زندانی نموده بود قابل ستایش است، و اگر به فراتر از این مقدار فکر می‌کنید، اولین مسئله‌ای که مطمئناً باعث موفقیت شما خواهد شد، این است که در سیاست اسلاف خود دایر بر «خدازدایی» و «دین‌زدایی» از جامعه که تحقیقاً بزرگترین و بالاترین ضربه را بر پیکر مردم کشور شوروی وارد کرده است، تجدید نظر نمایید. و بدانید که برخورد واقعی با قضایای جهان جز از این طریق میسر نیست، البته ممکن است از شیوه‌های ناصحیح و عملکرد غلط قدرتمندان پیشین کمونیسم در زمینة اقتصاد، باغ سبز دنیای غرب رخ بنماید، ولی حقیقت جای دیگری است، شما اگر بخواهید در این مقطع تنها گره‌های کور اقتصادی سوسیالیسم و کمونیسم را با پناه‌ بردن به کانون سرمایه‌داری غرب حل کنید، نه تنها دردی از جامعة خویش را دوا نکرده‌اید که دیگران باید بیایند و اشتباهات شما را جبران کنند، چرا که امروز اگر مارکسیسم در روش‌های اقتصادی و اجتماعی به بن بست رسیده است، دنیای غرب هم در همین مسائل به شکل دیگر و نیز در مسائل دیگر گرفتار حادثه است.
جناب آقای گورباچف، باید به حقیقت رو آورد، مشکل اصلی کشور شما مسئلة مالکیت و اقتصاد و آزادی نیست، مشکل شما عدم اعتقاد واقعی به خداست، همان مشکلی که غرب را هم به ابتذال و بن بست کشیده و یا خواهد کشید، مشکل اصلی شما مبارزة طولانی و بیهوده با خدا و مبدأ هستی و آفرینش است.
جناب آقای گورباچف، برای همه روشن است که از این پس کمونیسم را باید در موزه‌های تاریخ سیاسی جهان جستجو کرد، چرا که مارکسیسم جوابگوی هیچ نیاز از نیازهای واقعی انسان نیست، چرا که مکتبی است مادی، و با مادیت نمی‌توان بشریت را از بحران عدم اعتقاد به معنویت که اساسی‌ترین درد جامعة بشری در غرب و شرق است، به درآورد.
حضرت آقای گورباچف! ممکن است شما اثباتاً در بعضی جهات به مارکسیسم پشت نکرده باشید و از پس این هم در مصاحبه‌ها اعتقاد کامل خودتان را به آن ابراز کنید، ولی خود می‌دانید که ثبوتاً اینگونه نیست، رهبر چین( ) اولین ضربه را به کمونیسم زد، و شما دومین و علی الظاهر آخرین ضربه را بر پیکر آن نواختید، امروز دیگر چیزی به نام کمونیسم در جهان نداریم، ولی از شما جداً می‌خواهم که در شکستن دیوارهای خیالات مارکسیسم گرفتار زندان غرب و شیطان بزرگ( ) نشوید، امیدوارم افتخار واقعی این مطلب را پیدا کنید که آخرین لایه‌های پوسیدة هفتاد سال کژی جهان کمونیسم را از چهرة تاریخ و کشور خود بزدایید، امروز دیگر دولت‌های همسو با شما که دل‌شان برای وطن و مردم‌شان می‌تپد هرگز حاضر نخواهند شد، بیش از این منابع زیرزمینی و روزمینی کشورشان را برای اثبات موفقیت کمونیسم که صدای شکستن استخوان‌هایش هم به گوش فرزندان‌شان رسیده است، مصرف کنند.
آقای گورباچف! وقتی از گلدسته‌های مساجد بعضی از جمهوری‌های شما پس از هفتاد سال بانگ «الله اکبر» و شهادت به رسالت حضرت ختمی مرتبتص به گوش رسید، تمامی طرفداران اسلام ناب محمدیص را از شوق به گریه انداخت. لذا لازم دانستم این موضوع را به شما گوشزد کنم که بار دیگر به دو جهان‌بینی مادی و الهی بیندیشید، مادیون معیار شناخت در جهان‌بینی خویش را «حس» دانسته و چیزی را که محسوس نباشد از قلمرو علم بیرون می‌دانند، و هستی را همتای ماده دانسته و چیزی را که ماده ندارد موجود نمی‌دانند، قهراً جهان غیب مانند وجود خداوند تعالی و وحی و نبوت و قیامت را یکسره افسانه می‌دانند، در حالی که معیار شناخت در جهان‌بینی الهی اعم از «حس و عقل» می‌باشد، و چیزی که معقول باشد داخل در قلمرو علم می‌باشد گرچه محسوس نباشد، لذا هستی اعم از غیب و شهادت است، و چیزی که ماده ندارد، می‌تواند موجود باشد، و همانطور که موجود مادی به «مجرد» استناد دارد، شناخت هستی نیز به شناخت عقلی متکی است، قرآن مجید اساس تفکر مادی را نقد می‌کند، و به آنان که بر این پندارند که خدا نیست و گرنه دیده می‌شد: ﴿لَن نُّؤۡمِنَ لَكَ حَتَّىٰ نَرَى ٱللَّهَ جَهۡرَةٗ﴾ [البقرة: 55]( ). می‌فرماید: ﴿لَّا تُدۡرِكُهُ ٱلۡأَبۡصَٰرُ وَهُوَ يُدۡرِكُ ٱلۡأَبۡصَٰرَۖ وَهُوَ ٱللَّطِيفُ ٱلۡخَبِيرُ ١٠٣﴾ [الأنعام: 103]( ).
از قرآن عزیز و کریم و استدلالات آن در موارد وحی و نبوت و قیامت بگذریم که از نظر شما اول بحث است، اصولاً میل نداشتم شما را در پیچ و تاب مسائل فلاسفه به خصوص فلاسفة اسلامی بیندازم، فقط به یکی – دو مثال ساده و فطری و وجدانی که سیاسیون هم می‌توانند از آن بهره‌ای ببرند بسنده می‌کنم، این از بدیهیات است که ماده و جسم هرچه باشد از خود بی‌خبر است، یک مجسمة سنگی یا مجسمة مادی انسان هرطرف آن از طرف دیگرش محجوب است، در صورتی که به عیان می‌بینیم که انسان و حیوان از همة اطراف خود آگاه است، می‌داند کجاست، در محیطش چه می‌گذرد، در جهان چه غوغایی است، پس در حیوان و انسان چیزی دیگری است که فوق ماده است و از عالَم ماده جدا است و با مردنِ ماده نمی‌میرد و باقی است، انسان در فطرت خود هر کمالی را به طور مطلق می‌خواهد، و شما خوب می‌دانید که انسان می‌خواهد قدرت مطلق جهان باشد و به هیچ قدرتی که ناقص است دل نبسته است، اگر عالم را در اختیار داشته باشد و گفته شود جهان دیگری هم هست، فطرتاً مایل است آن جهان را هم در اختیار داشته باشد، انسان هراندازه دانشمند باشد و گفته شود علوم دیگری هم هست، فطرتاً مایل است آن علوم را هم بیاموزد، پس قدرت مطلق و علم مطلق باید باشد تا آدمی دل به آن ببندد، آن خداوند متعال است که همه به آن متوجهیم، گرچه خود ندانیم، انسان می‌خواهد به «حق مطلق» برسد تا فانی در خدا شود، اصولاً اشتیاق به زندگی ابدی در نهاد هر انسانی نشانة وجود جهان جاوید و مصون از مرگ است، اگر جناب‌عالی میل داشته باشید در این زمینه‌ها تحقیق کنید، می‌توانید دستور دهید که صاحبان اینگونه علوم علاوه بر کتب فلاسفة غرب در این زمینه به نوشته‌های فارابی و بوعلی سینا – رحمة الله علیهما – در حکمت مشا مراجعه کنند، تا روشن شود که قانون علیت و معلولیت که هرگونه شناختی برآن استوار است، معقول است نه محسوس، و ادراک معانی کلی و نیز قوانین کلی که هرگونه استدلال برآن تکیه دارد، معقول است نه محسوس، و نیز به کتاب‌های سهروردی/ در حکمت اشراق مراجعه نموده، و برای جناب‌عالی شرح کنند که جسم و هر موجود مادی دیگر به نور صرف که منزه از حس می‌باشد نیازمند است، و ادراک شهودی ذات انسان از حقیقت خویش مبرا از پدیدة حسی است، و از استاتید بزرگ بخواهید تا به حکمت متعالیة صدرالمتاَلّهین - رضوان الله تعالی علیه وحَشَرَهُ اللهُ مع النبیین والصالحین - مراجعه نمایند، تا معلوم گردد که حقیقت علم همانا وجودی است مجرد از ماده، و هرگونه اندیشه از ماده منزه است و به احکام ماده محکوم نخواهد شد.
دیگر شما را خسته نمی‌کنم و از کتب عُرَفا و بخصوص محیی الدین ابن عربی نام نمی‌برم که اگر خواستید از مباحث این بزرگ مهر مطلع گردید، تنی چند از خبرگان تیزهوش خود را که در اینگونه مسائل قویاً دست دارند، راهی قم گردانید، تا پس از چند سالی با توکل به خدا از عمق لطیف باریکتر ز موی منازل معرفت آگاه گردند که بدون این سفر آگاهی از آن امکان ندارد.
جناب آقای گورباچف، اکنون بعد از ذکر این مسائل و مقدمات از شما می‌خواهم در بارة اسلام به صورت جدی تحقیق و تفحص کنید، و این نه به خاطر نیاز اسلام و مسلمین به شما که به جهت ارزش‌های والا و جهان شمول اسلام است که می‌تواند وسیلة راحتی و نجات همة ملت‌ها باشد، و گره مشکلات اساسی بشریت را باز نماید. نگرش جدی به اسلام ممکن است شما را برای همیشه از مسئلة افغانستان و مسائلی از این قبیل در جهان نجات دهد، ما مسلمانان جهان را مانند مسلمانان کشور خود دانسته و همیشه خود را در سرنوشت آنان شریک می‌دانیم، با آزادی نسبی مراسم مذهبی در بعضی از جمهوری‌های شوروی، نشان دادید که دیگر اینگونه فکر نمی‌کنید که مذهب مخدر جامعه است، راستی مذهبی که ایران را در مقابل ابرقدرت‌ها چون کوه استوار کرده است مخدر جامعه است؟ آیا مذهبی که طالب اجرای عدالت در جهان و خواهان آزادی انسان از قیود مادی و معنوی است مخدر جامعه است؟ آری، مذهبی که وسیله شود تا سرمایه‌های مادی و معنوی کشورهای اسلامی و غیر اسلامی در اختیار ابرقدرت‌ها و قدرت‌های قرار گیرد و بر سر مردم فریاد کشد که دین از سیاست جدا است مخدر جامعه است، ولی این دیگر مذهب واقعی نیست، بلکه مذهبی است که مردم ما آن را «مذهب آمریکایی» می‌نامند.
در خاتمه صریحاً اعلام می‌کنم که جمهوری اسلامی ایران به عنوان بزرگترین و قدرتمندترین پایگاه جهان اسلام به راحتی می‌تواند خلأ اعتقادی نظام شما را پر نماید، و در هرصورت کشور ما همچون گذشته به حسن همجواری و روابط متقابل معتقد است و آن را محترم می‌شمارد، والسَّلامُ عَلَى مَنِ اتَّبَعَ الهُدى.
11 / 10 / 67
روح الله الموسوی الخمینی
 
و اینک متن نامة استاد آل اسحاق:
حضرت امام خمینی رهبر انقلاب اسلامی ایران!
باسلام، «مرکز تحقیقات اسلامی حماة القدس» وظیفة شرعی می‌داند نکاتی را در رابطه با نامة حضرت‌عالی به رهبر حزب کمونیست شوروی، آقای گورباچف به اطلاع شما و روحانیون و دیگر مراجع و مسلمین برساند:
1-    کتاب «مصباح الهدایة» آن جناب در بیان عقاید شماست و بیانگر اسلامی است که شما می‌خواهید آن را به دنیا عرضه کنید (چون بعد از انقلاب چاپ شده است) این کتاب سر تا پا فلسفه و عرفان است که به نام اسلام درآمده، و همان وحدت وجود و موجود است که در آن عقول عشره و عقل فعال با نور محمدی و علوی تطبیق گردیده است و به نظر ما هیچ ربطی به اسلام ندارد، و حقایق دین و اسلام مباین با این مسائل است.
2-    شما در این نامه، هیچ از حقائق قرآن و دلائل آن ذکر نکرده اید، بلکه ایشان را به کتاب‌های «بوعلی سینا» (فیلسوف مَشاء و مبین فلسفة یونان که از طرف «محمد غزالی» تکفیر شده و بیست دلیل بر انحرافات او در کتاب «تهافت الفلاسفة» ذکر نموده است) راهنمایی فرموده اید! به کتاب‌های «محیی الدین بن عربی» اشراقی (که وحدت وجودی و رئیس کل عُرَفا می‌باشد) به کتاب‌های «سهروردی» (که او را به دلیل انحرافات فکری اش مسلمان‌ها اعدام نمودند) به کتاب‌های «ملاصدرا» (که او را به دلیل انحرافات فکری و وحدت وجود علمای اصفهان تکفیر نموده و به «کهک» قم تبعید کردند، و ایشان در مقدمة «اسفار» از فلسفه و عرفان بیزاری جسته و استغفار نموده است) اشاره کرده اید.
3-    اگر فراموش نکرده باشید درس فلسفة خود حضرت‌عالی هم در مدرسة «فیضیة» قم در چهل سال پیش در همین رابطه تعطیل شد و شما با توجه به این همه مسائل معلوم نیست، چرا در اسلام‌شناسی ایشان را به فلاسفه و عرفای منحرف راهنمایی می‌فرمایید؟
آیا قرآن برای اثبات خدا و بیان اصول و فروع دین دلایل مکفی ندارد؟ آیا رهبران اسلام نمی‌توانند حقایق قرآن را منهای فلسفه‌ها و عرفان معنی کنند؟ آیا جائز است در شناساندن اسلام بر ابرقدرت‌ها فلسفه و عرفان را به جای اسلام معرفی کنیم؟
4-    شما که می‌دانید فلسفة یونان و عرفان هندی پیش از ظهور حضرت محمدص حتی پیش از ظهور حضرت عیسی و موسی در مشرق زمین بوده، اگر مکفی بود، اگر صحیح بود، اگر برای هدایت بشر کافی بود، چه لزومی داشت خداوند بر بشریت منت گذارد و بری ما پیامبر بفرستد که: ﴿لَقَدۡ مَنَّ ٱللَّهُ عَلَى ٱلۡمُؤۡمِنِينَ إِذۡ بَعَثَ فِيهِمۡ رَسُولٗا مِّنۡ أَنفُسِهِمۡ يَتۡلُواْ عَلَيۡهِمۡ ءَايَٰتِهِۦ وَيُزَكِّيهِمۡ وَيُعَلِّمُهُمُ ٱلۡكِتَٰبَ وَٱلۡحِكۡمَةَ وَإِن كَانُواْ مِن قَبۡلُ لَفِي ضَلَٰلٖ مُّبِينٍ ١٦٤﴾ [آل‌عمران: 164]. قرآن تشریح می‌فرماید که پیش از آمدن انبیاء انسان‌ها (به وسیلة همین فلاسفه) در گمراهی و ضلالت آشکار بودند، بازهم می‌خواهید کَرَّ عَلَي ما فَرَّ بشود و پیروان انبیاء به نام اسلام قرن‌ها گرفتار فلسفه‌ها و عرفان باشند.
5-    مرحوم آیة الله بروجردی تدریس فلسفه اسفار توسط آقای طباطبائ( ) را در قم ممنوع کرد، بازهم برخلاف سیرة علماء و فقهاء می‌خواهید فلسفه‌ها رایج گردد؟
6-    می‌گویند: «اسلام ناب محمدی» این نامگذاری‌ها جز ایجاد اختلاف خاصیتی ندارد.
7-    به نظر ما بهتر است اجازه بفرمایید تا محققین اسلام‌شناس به جای فلسفه و عرفان، حقایق اسلام را در رسانه‌ها بیان کنند تا مردم جهان از حقیقت اسلام آگاه کردند، امید است از این انجام وظیفة ما نرنجید، والسَّلامُ عَلَى مَنِ اتَّبَعَ الهُدى.
مسؤول مرکز تحقیقات اسلامی حماة القدس
نویسندة هزار مقاله در مسائل اسلامی
الاحقر: اسماعیل آل اسحاق خوئینی
پس از انتشار این نامه، استاد دستگیر و زندانی شد، با توجه به سوابق علمی وی که تحصیل‌کردة نجف و قم و از خانوادة علما و پروردة بیت علم و تحقیق و از خاندانی شیعی و فرزند مرحوم آیة الله العظمي حاج شیخ عبدالکریم خوئینی بوده است، و برادرانش از مدرسین و محققین حوزة علمیة قم به شمار رفته، و تعدادی از خویشاوندان وی از مناصب و مقامات عالی حکومتی برخوردار بوده اند، (از قبیل ریاست دادسرای انتظامی قضات، قائم مقام بنیاد مستضعفان، فرماندهی لشکر علی بن ابی طالب سپاه پاسداران انقلاب اسلامی قم و.....) تغییر عقیدة نامبرده و مخالفت علنی و صریح وی با خرافات برای حکومت ایران بسیار ناگوار و غیر قابل تحمل بود، از سوی دیگر اعدام ایشان بی‌آن که جرمی مرتکب شده باشد، برای حکومت ایران عاری از ضرر نبود، از این رو به شدت تلاش می‌کردند تا شاید با کاوش و تجسس جدی در زندگی شخصی و خانوادگی و اجتماعی ایشان بتوانند به نوعی استاد را به کشورهای خارجی و یا سازمان‌های بین المللی مرتبط جلوه دهند، ولی به فضل الهی توفیقی نیافتند، ناگزیر مسؤولین وزارت اطلاعات که پروندة استاد «آل اسحاق» به آنان سپرده شده بود به منظور حصول بهانه و مجوزی برای اعدام، وی را پس از هفت ماه ضرب و شتم و شکنجة مستمر وادار به اقرار به گناه ناکرده کردند، و بدین ترتیب، تصمیم به اعدام وی گرفتند، حتی مسؤولین وزارت اطلاعات اعضای خانوادة ایشان را از قم و طهران فرا می‌خوانند، استاد «آل اسحاق» هنگام ملاقات با نزدیکان ضمن ارائة وصیت‌نامه به اعضای خانواده اعلام می‌کند که این دیدار در واقع وداع آخر است، اما از آنجا که اعدام وی مقدر نبود، در همین ایام حال امام خمینی رو به وخامت نهاد و سرانجام درگذشت، و اعدام استاد آل اسحاق به تعویق افتاد و با توجه به وضع نامناسب جسمانی استاد و بیماری مزمن قلبی ایشان و چند تن دیگر از زندان «توحید» به زندان «اوین» منتقل شدند، اما به منظور آن که وی را در فشار قرار داده و به تسلیم مجبور نموده و صدایش را خاموش کنند، امتیاز سردفتری وی را لغو کردند تا در مضیقة مالی قرار گیرد.
با توجه به این که نامبرده فردی عائله‌مند (سرپرست خانواده‌ای متشکل از پانزده نفر) بود و علاوه بر این از بیماری قلبی نیز رنج می‌برد، به نحوی که برای طی مسافت حدود سیصد متری منزل تا دفترخانه لاأقل باید چند بار بر زمین نشسته و استراحت می‌کرد و همچنین «سهم امام» را نیز جایز ندانسته و نمی‌پذیرفت، این اقدام حکومت برای او بسیار سنگین بود، اما وی صبر پیشه کرد و برای درمان خویش مزرعه‌ای را که نتیجة سی سال تلاش شخصی وی بود، فروخت. اعضای خاندان آل اسحاق نیز ایشان را ترک کرده و از بیم از دست‌دادن موقعیت سیاسی و اجتماعی خویش به هیچ وجه به وی نزدیک نمی‌شدند، اما این مشکلات وی را متزلزل نساخت و همچنان با قلبی مطمئن و دلی آرام به راه خود می‌رفت، و به راستی از مصادیق آیة شریفة: ﴿أَلَآ إِنَّ أَوۡلِيَآءَ ٱللَّهِ لَا خَوۡفٌ عَلَيۡهِمۡ وَلَا هُمۡ يَحۡزَنُونَ ٦٢﴾ [يونس: 62]. «آگاه باشید که دوستان خدا را نه بیمی است و نه اندوهگین شوند» وی در مقابل اصرار فرزندان بر استرداد دفترخانه به شدت مقاومت می‌کرد و هرگونه تقاضا از حکومت را برخلاف توحید و اخلاص در برابر حق می‌دانست و تا پایان عمر هیچ تقاضایی را به مسؤولین حکومت ایران عرضه نداشت، و غالباً این آیه را زمزمه می‌نمود که ﴿إِنَّ ٱللَّهَ ٱشۡتَرَىٰ مِنَ ٱلۡمُؤۡمِنِينَ أَنفُسَهُمۡ وَأَمۡوَٰلَهُم بِأَنَّ لَهُمُ ٱلۡجَنَّةَ﴾ [التوبة: 111]. «همانا خداوند جان و مال مؤمنین را به بهای بهشت خریده است» در دشواری‌ها غالباً ورود حضرت ابراهیم به آتش را یادآورد شده و یا با ذکر آیة: ﴿وَٱصۡبِرۡ لِحُكۡمِ رَبِّكَ فَإِنَّكَ بِأَعۡيُنِنَا﴾ [الطور: 48]. «در انتظار حکم و فرمان پروردگارت شکیبایی کن که تو زیر نظر ما و در حمایت مایی». خود را در منظر و محضر پروردگار دانسته و با ذکر آیة: ﴿إِنَّا لَا نُضِيعُ أَجۡرَ مَنۡ أَحۡسَنَ عَمَلًا﴾ [الکهف: 30]. «همانا ما پاداش کسی را که نیکوکاری کند، تباه نسازیم» در برابر حق متعال اظهار تسلیم کرده و می‌گفت: جز رضای حق نمی‌خواهم، نامبرده مکرراً عنایات خفیه و الطاف خاص الهی را نسبت به خود که طی حوادثی برای وی تحقق یافته بود به اطرافیان گوشزد می‌کرد تا ناامید نشوند و دلگرم باشند، با این که مؤکداً به وی اخطار کرده بودند که در صورت اقدام به هرگونه فعالیت فرهنگی یا سیاسی وی را با صحنه‌سازی و حادثه‌پردازی از پیش طراحی شده از قبیل تصادف اتومبیل یا..... خواهند کشت( ) ولی وی تا آخرین لحظة حیات از تلاش و کوشش باز نایستاد و تا آخرین روز عمر مشغول تحریر و تألیف کتاب بود، سرانجام استاد در تاریخ 16 / 7 / 1379 مطابق 9 رجب 1421 هـ ق. (- 7 / 10 / 2000 م) دار فانی را وداع گفت.
پیش از ذکر برخی از آثار استاد، آخرین نامة آن مرحوم را که اندکی پیش از مرگش نوشته است ذکر می‌کنیم:
باسمه تعالی
دوست عزیز، بعد از سلام لازم است به نکات زیر توجه فرمائید و با دقت آنها را مطالعه نمائید:
انقلاب اسلامی ایران اسلام را در سطح جهانی مطرح ساخته و مدعی است، اسلام می‌تواند بشریت را به سعادت دنیا برساند و مردم دنیا نیز به سه گروه تقسیم می‌شوند: 1- منکرین الله و آخرت که بر اینگونه حرف‌ها عقیده ندارند و با بی‌اعتنائی از کنار آن می‌گذرند. 2- طرفداران دین و ادیان و معتقدین به الله و برنامة سعادت بخش دین که پیوسته در آرزوی دستیابی به حقیقت آن دین بوده اند، ولی به علل گوناگون از جمله حاکمیت جبارین و ستمگران و سیاست‌های باطل آنها و تبلیغ فلسفه‌ها و عرفان‌ها و غلو غُلات به جای دین و تفسیرهای به رأی قرآن و تعصبات گوناگون و دشمنی‌ها چهرة واقعی دین اسلام پیوسته از نظرها پنهان مانده، و هم اکنون همه علاقمند به درک اسلام واقعی و پیداکردن کتابی که بیانگر این واقعیت باشد لحظه‌شماری می‌نمایند، اینها فکر می‌کردند اسلامی را که آقای خمینی عنوان می‌کند واقعاً همان دین الهی است و همه منتظرند ببینند نتیجة پیاده‌شدن آن دین را که اسلام ناب محمدی نامیده می‌شود در ایران چیست، ولی متأسفانه بعد از 21 سال حاکمیت این اسلام در ایران نتیجه اش جز پرشدن زندان‌ها از آزادی‌خواهان و اعدام هزاران آزادی‌خواه و قحطی و سانسورها و شکنجه‌ها و دروغ‌ها چیز دیگری نشد تا جایی که انسان خجالت می‌کشد به رادیوهای آزاد در خارج از کشور گوش دهد، و می‌بینیم هنوز آن عطش آن تشنگی در درون مسلمان‌های عالَم نزد روشنفکران جهان همچنان باقی است و اگر پاسخ صحیح به آنها داده نشود، عموماً در اصالت دین و اسلام و خدا و مکتب انبیاء به شک افتاده و از آن گریزان می‌شوند و به لائیسم و بی‌دینی روی خواهند آورد. 3- حزب حاکم در ایران یا معتقدین به درستی تشیع صفوی فعلی و اغفال‌شدگان: قدرتی که اکنون در ایران پدید آمده و عالَم اسلام و تمدن بشری را تهدید می‌کند به وسیلة طرفداران همین مذهب است نه دین اسلام، و مذهب شیعه سیاسی است، حزبی سیاسی است، به نام دین و مذهبی در دین تا تمام سیاست‌ها و حرکت‌ها و ظلم‌ها و ستم‌ها و دروغ‌ها و اعدام‌ها را توجیه کند و برای انتقام‌گرفتن از خلافت و اسلام و مسلمین خود را مسلمان نامیدند و عنوان امامت و ولایت را اختراع کردند، و برای این که امام و رهبر بتواند به دلخواه هر تصمیمی را بگیرد او را دارای ولایت الهی و ولایت تکوینی و تشریعی و حاکمیت مطلق و ولایت مطلقه معرفی نموده‌اند، و امام زمان فرضی را از آن جهت غایب معرفی می‌کنند تا خود را جانشین او و نایب او و دارای ولایت مطلقه معرفی نمایند، و برای تأسیس این مذهب و ترویج آن آیات قرآن به دلخواه تأویل و تفسیر نمودند و هزاران حدیث نبوی ساختند و صدها نقل کردند و کرامت برای آنها نقل کردند و برای زیارت قبور آنها ثواب‌ها نقل کردند و زیارت‌نامه‌ها نوشتند و داستان‌هائی مانند غدیر را پدید آوردند، و احادیثی فراوان را فراهم آوردند که به خود امامان منسوب می‌باشد و کتاب‌هایی مانند نهج البلاغه را چهار صد سال بعد از وفات حضرت علی نوشتند، و صحیفة سجادیه و حدیث کساء را بدون سند ساختند و مفاتیح الجنان و زادالمعادها نوشتند و قرن‌ها زحمت کشیدند تا در مقابل صحاح ستة اهل تسنن، کتاب‌های کافی و وافی و من لا یحضُرُهُ الفقیهُ و استبصار را فراهم کنند و برای قدرتِ مالی خمس و سهم امام را عنوان کردند و برای اطاعت بی‌قید و شرط از مرجع، مرجعیت و رسالة عملیه را و برنامه‌های عزاداری و سینه‌زنی و قمه‌زنی و زنجیر زنی را صفویه پدید آوردند، و برای ترویج رسمی و مداوم مذهب شیعه روضه‌خوانی و عزاداری را فرهنگ ساختند، و برای این که کسی نتواند حرفی بزند عنوان مداحی و مدح علی را رسم کردند، و شعر و شاعری و وصفِ علی را عنوان کردند و گنبد و بارگاه‌ها بر سر قبور ساختند و آنها را طلا نمودند، و این دروغ قطعی و حتمی برخلاف قرآن، یعنی امامت شخصی را آنچنان بزرگ عنوان کردند و می‌نمایند و امام زمان دروغین را آنچنان جدی عَلَم کردند و برایش جشن تولدها و طاق نصرت‌ها زدند و می‌زنند تا کسی را جرأتِ انکار آن یا حتی تفکر و اندیشه در علت پیدایش این مذهب و این حزب سیاسی نباشد و چندین بار با این روال موفقیت و قدرت به دست آورده اند: 1- قتل عمر به وسیلة ابولؤلؤ یا فیروز ایرانی. 2- قتل عثمان به وسیلة هیئتی عازم به مکه در لباس احرام در مدینه که چهارصد و هفتاد نفر بودند، از کوفه (محل اجتماع ایرانیان و مدائنی‌های شکست‌خورده انجام شد). 3- قتل حضرت علی به وسیلة ابن ملجم آمده از کوفه و ایرانیان. 4- قتل امام حسن به وسیلة جعده زنش اهل کوفه ایرانی. 5- دعوت از امام حسین به وسیلة اهل کوفه که همان حزب شیعه و ایرانیان شکست خورده از اعراب و کشتن او در کربلاء. 6- تنهاگذاشتن زید بن علی بن الحسین و کشته‌ شدن او و آویزان‌شدنش از دار به مدت یک سال. 7- اجتماع به دور مختار در کوفه. 8- اجتماع به دور مُصعَب و کشتن مختار. 9- اجتماع به دور محمد حنفیه در مدینه و امام غایب معرفی‌کردن او در کوه رضوی و ذی طول و تأسیس فرقة حنفیه. 10- تأسیس فرقة زیدیه معتقدین به امامت زید بن علی بن الحسین مقتول در یمن که هنوز ادامه دارد. 11- تأسیس فرقة اسماعیلیه در مقابل جعفر صادق که هنوز بیش از بیست میلیون نفر در میان مسلمین اسماعیلیه می‌باشد و مکرر به قدرت رسیده‌اند، از جمله در مصر و در ایران توسط حسن صباح و.... 12- تأسیس فاطمیون و به قدرت‌رسیدن آنها و سقوط آنها در مصر. 13- تأسیس علویون در مازندران. 14- حمله به بنی امیه از خراسان به رهبری ابومسلم خراسانی. 15- حمله به مرکز حکومت اسلامی بغداد با لشکر هلاکو و ساقط‌نمودن حکومت مرکزی و معتصم در بغداد به رهبری خواجه نصیر طوسی. 16- تأسیس حکومت شیعه در سلطانیه توسط شاه خدابنده. 17- تأسیس صفویه در اردبیل. 18- تأسیس بابیت توسط سید علی محمد باب. 19- و بهائیت توسط جانشین او بهاء الله (میرزا حسینعلی). 20- تأسیس حکومت جمهوری اسلامی ایران که ملاحظه می‌فرمایید همة اینها حرکت‌هایی است که به وسیلة شیعه و مذهب شیعه و به نام دین در اسلام پدید آمده، و اکنون به صورت کاملتر و قاطع‌تر و جدی‌تر و مسلح‌تر در دنیای اسلام ظاهر گردیده اند، و همة اینها به جهت اغفال خلق الله توسط رهبران مذهبی بوده و هست، و تا این رهبران، این عنوان حقانیت مذهب، این عنوان مذهب حقة جعفری، این حق‌بودنِ علی و ناحق‌بودنِ دیگران مطرح است، و بر این سخنان پاسخی نیست و مردم خیال می‌کنند در دین امامتی بوده و ولایتی بوده و خلافتی بوده، و هرکس در این راه کشته شود شهید است و جایش در بهشت است، این تِز، این مکتب، این همه برنامه‌های گوناگون ادامه خواهد یافت و قتل‌های زنجیره‌ای وسیع‌تر خواهد شد، جدی‌تر خواهد شد و امیدی به نجات اسلام و مسلمین از دست این رهبران، این ولی فقیهان، این حوزه‌ها، این مذهب و این برنامه‌ها نیست، در این رابطه و با توجه به این مختصر و یادداشت علتِ دست یازیدن به این تحقیق و این کناکش علمی مبتنی بر پنج هزار آیات قرآن برای شما معلوم می‌گردد و اهمیت و نقش آن در نجات مسلمین مشخص خواهد شد( ). اینجانب بعد از پنجاه سال مطالعه در اسلام‌شناسی و بررسی فلسفه‌ها و عرفان‌ها و اندیشه‌های غُلات و مکاتب مختلف به این نتیجه رسیده‌ام که حقیقت زلال دین همان قرآن است که قرآن خود ما را مکرر به خواندن و تدبر و تفکر در آن امرها می‌کند، و علت این گمراهی‌ها و سر در گمی‌ها و دوری همگان از حقایق دین و قرآن. همان نخواندن قرآن و تدبرنکردن در قرآن و نشناختن جهان‌بینی قرآن می‌باشد، و دیگران از جمله فلاسفه و عُرَفا و غُلات و مارکسیست‌ها و ماتریالیست‌ها و کمونیست‌ها و ملحدین هم از این فرصت استفاده کرده و هرکدام به نحوی افکار و عقاید خود را مخلوط در دین نموده اند، و آقای خمینی موفق‌ترین فیلسوف و عارف و غالی در دین بوده است که افکار فلسفی خود که متأثر از فلسفة یونان و عرفان هندی می‌باشد را به عنوان اسلام مطرح ساخته و در کتاب‌هایش مخصوصاً مصباح الهدایة به بیان آنها پرداخته و اسلام ناب محمدی ایشان یعنی همان فلسفه‌های مخلوط به دین و عرفان و غُلُوهای غُلات به نام مذهب و تشیع و به عنوان انقلاب و با استفاده از احساسات ملت‌ها توانسته است و می‌توانند آن افکار را به جای اسلام ناب محمدی مطرح و اعلان و تبلیغ و ترویج نمایند، و اگر کسی مانند اینجانب حتی یک نامة افشاگرانه در این زمینه به ایشان یا در رسانه‌ها بنویسد، سروکارش با اعدام و شکنجه‌ها و تهمت‌ها و حداقل شش سال زندان است، و آن روز که می‌خواستند مرا به جرم یک نامه در این زمینه اعدام کنند و برای اعدام من تهمت‌ها و پرونده‌ها ساخته و پرداخته بودند، ایشان وفات یافتند و من زنده ماندم (رونوشت آن نامه تقدیم است ان شاء الله منتشر خواهد شد) و موفق شدم سخنانم را در محیط خفقان زندان ویژة روحانیت در اطاق در بسته بنویسم، اگرچه سه هزار صحفه از تحقیقاتم را عوامل ایشان در زندان دزدیدند و محو کردند، و دو هزار جلد از کتاب‌های آفات شناخت و انواع و اشکال شناختم را از کتابخانه‌ها و نمایشگاه‌های بین المللی جمع‌آوری و محو نمودند و در شرایط فعلی و خفقان ایران برای من بیش از این یعنی‌ نوشتن و تایپ‌کردن آن حقایق میسر نیست، و می‌دانید این کار برای ما به چه قیمتی و با چه مشکلاتی ممکن گردیده است، اما دست شما باز است و آن طور که شما را می‌شناسم، اگر بدانید کاری برای خداست، برای احیاءِ دین است، برای نجات از دست ستمگران و حاکمان به نام دین است، بدان کمک می‌کنید و آن کار ترجمه و چاپ این تحقیقات است که قسمت عالم القرآن را یک بار به حضور ارسال نمودیم و متأسفانه به دست جناب‌عالی نرسید.
به هرحال، امید است برای آخرت خود و برای دنیا و آخرت ملت اسلام، بزرگترین قدم را بردارید و این نوشته‌ها را به همین صورت یا با ترجمه به زبان‌های بین المللی به همت خود یا با کمک از یونسکو چاپ و در سطح جهانی منتشر نمائید که مسلمان‌های عالم و روشنفکران جهان و حتی طرفداران حق و حقیقت را متوجه حقایق دین و حقه‌های بی‌دینان نمائید، و من یقین دارم خداوند پاداش من و شما و همة کسانی را که در این مهم تلاش کنند در دنیا و آخرت خواهد داد که: ﴿إِنَّ ٱلَّذِينَ ءَامَنُواْ وَعَمِلُواْ ٱلصَّٰلِحَٰتِ إِنَّا لَا نُضِيعُ أَجۡرَ مَنۡ أَحۡسَنَ عَمَلًا ٣٠﴾ [الكهف: 30]. و بدیهی است برای نجات ملت‌های اسلامی و ملت ایران بهترین راه آن است که حقیقت دین اسلام و قرآن را دریابند و جدائی آن را از این خرافات به نام دین و اسلام و قرآن درک کنند، و مسلماً آنها به ما اجازه نخواهند داد تا ما در داخل کشور اینگونه مقالات را چاپ و منتشر نمائیم. پس وظیفة امثال شماست که خود را فدای افکار خود نموده‌اید، و من از آن جهت به شما روی آوردم که شما را اهل و لایق این فداکاری و لطف و مرحمت دانستم که به قول سعدی (امیدوار توانم شدن به خیر کسان) و چنانچه از لحاظ مالی امکانات کافی نداشته باشید، من حاضرم خانة 140 متری قدیمی خود را بفروشم و پولش را برای اینکار ارسال بدارم، خداوند عمر و عزت شما را مستدام بدارد.
زیاده احترام
اسماعیل آل اسحاق خوئینی
مؤسس مرکز تحقیقات اسلامی حماة القدس
 
اینک می‌پردازیم به ذکر قسمتی از تألیفات و تحقیقات استاد «آل اسحاق»:
1-    بررسی مذاهب و ادیان.
2-    تبیین اسلام و یا خداشناسی انبیاء (شامل 20 مقاله).
3-    ایمان و انسان (شامل 30 مقاله).
4-    منطق ما یا آفات شناخت (شامل 35 مقاله).
5-    انواع و اشکال شناخت (شامل 40 مقاله) که در تاریخ 30 / 10 /  1362 چاپ و منتشر گردید و کتب ردیف یک تا چهار، سال‌ها قبل انتشار یافته اند. کتب زیر تاکنون به چاپ نرسیده است:
6-    موانع شناخت (شامل 40 مقاله)                          آمادة چاپ
7-    دروغ‌های بزرگ، وجود و وحدت وجود          آمادة چاپ
8-    دروغ‌های بزرگ، موجود و وحدت موجود       آمادة چاپ
9-    دروغ‌های بزرگ، تکامل داروینی                     آمادة چاپ
10-    دروغ‌های بزرگ، روح مجرد فلسفی               آمادة چاپ
11-    حسین، حسین است، نه یاحسین است و نه واحسین است.
12-    علی، علی است، نه یاعلی.
13-    انواع و اشکال شرک‌ها.
14-    بدعت‌ها در دین (منظوم).
15-    پاسخ به سؤالات دینی.
16-    تربیت اسلامی.
همچنین وی به تألیفی عظیم در بارة قرآن کریم اقدام کرد که در هشت بخش اصلی تنظیم گردیده است:
الف: بخش اول موسوم به عالم القرآن که خود به پنج فصل منقسم است:
1-    مقدمه بر عالم القرآن.
2-    رُنسانس عظیم در تفکرات اسلامی یا بدایة الاسلام با استناد به 300 آیة قرآن.
3-    قسمت اول نهایة الإسلام با استناد به 1000 آیة قرآن.
4-    قسمت دوم نهایة الإسلام با استناد به 1200 آیة قرآن.
5-    قسمت سوم نهایة الإسلام با استناد به 1500 آیة قرآن.
ب: بخش دوم تحت عنوان الله القرآن که به پنج فصل منقسم است:
1-    الله القرآن.
2-    صفات الله فی القرآن.
3-    توحید الله فی القرآن.
4-    أفعال الله فی القرآن.
ج: بخش سوم تحت عنوان نُبُوُّة القرآن که به دو فصل منقسم است:
1-    نبوت عامه.
2-    نبوت خاصه.
د: بخش چهارم آخِرَةُ القرآن که به چهار فصل منقسم است که در آن به 1000 آیة قرآن استناد گردیده:
1-    محشر و قیامت.
2-    بهشت.
3-    أعراف.
4-    جهنم.
هـ: بخش پنجم تحت عنوان عدالة القرآن که دارای دو فصل است:
1-    عدالة الله.
2-    عدالت اجتماعی و عدالت در مورد انسان.
و: بخش ششم تحت عنوان إِمامة القرآن که دارای دو فصل است:
1-    امامة الشیعة.
2-    إِمامة العامة.
ز: بخش هفتم موسوم به اخلاق القرآن با استناد به 1200 آیة قران، 300 موضوع اخلاقی در قرآن با اخلاق فلسفی و عرفانی متصوفه مقایسه شده است.
ح: بخش هشتم تحت عنوان احکام القرآن در دو فصل:
1-    محرمات.
2-    واجبات.
همچنین استاد، حدود 16 مقاله در مورد مطالب قرآن دارد که عناوین برخی از آنها را در اینجا می‌آوریم:
1-    التعبد والعبادة فی القرآن.
2-    الاستعانة فی القرآن.
3-    الهدایة فی القرآن.
4-    الصراط الـمستقیم فی القرآن.
5-    الشیء فی القرآن.
6-    الخِلقَة فی القرآن.
7-    الخلیفة والخلافة فی القرآن.
8-    التقدیس والتقدس فی القرآن.
9-    التعقل والعقل فی القرآن.
10-     الظن والظنون فی القرآن.
11-    بنی إسرائیل فی القرآن.
12-    الشفاعة فی القرآن.
13-    الدعاء فی القرآن.
14-    الولایة فی القرآن.
15-    التطهیر فی القرآن.
16-    الإصطفاء فی القرآن.
17-    الرُّسل فی القرآن.
18-    الإتباع عن الرسول فی القرآن.
بعضی از موضوعات فوق به تنهایی یک مجلد است، و برخی 2 یا 3 موضوع در یک مجلد قرار می‌گیرد.